گروه میکروبشناسی دارای 3 آزمایشگاه میکروب شناسی و 1 آزمایشگاه ویروس شناسی است که شامل؛
1- آزمایشگاه عمومی میکروب شناسی جهت اموزش دروس عملی دانشجویان پزشکی، پرستاری و مامائی، دندانپزشکی، بهداشت، پیراپزشکی و داروسازی واقع در محل گروه میکروب شناسی در دانشکده پزشکی
2- آزمایشگاه میکروب شناسی مولکولی جهت آموزش دروس عملی دانشجویان کارشناسی ارشد گروه و انجام طرح های تحقیقاتی و پایان نامه های گروه واقع در محل گروه میکروب شناسی در دانشکده پزشکی
3- آزمایشگاه تحقیقاتی تخصصی میکروب شناسی جهت انجام پایان نامه ها، طرحهای تحقیقاتی پیشرفته و ارائه خدمات آموزشی-پژوهشی و تشخیصی به سایر گروهها و مراکز درمانی (این آزمایشگاه در حال حاضر در سند چشم انداز اینده گروه قرار دارد). واقع در راهروی آموزش (داروسازی قدیم) در دانشکده پزشکی
4- آزمایشگاه تحقیقاتی ویروس شناسی جهت انجام پایان نامه ها، طرحهای تحقیقاتی و ارائه خدمات آموزشی- پژوهشی و تشخیصی به سایر گروهها و مراکز درمانی