- غربالگری و تعیین مقاومت های آنتی بیوتیکی نوظهور در بین باکتریهای شایع
- تعیین ارتباط تغییرات میکروبیوتای انسان و بیماریهای مختلف
- بررسی ژنهای مقاومت دارویی و بیماریزایی در باکتریهای شایع در عفونت های اکتسابی از بیمارستان و جامعه
- مطالعه بر روی خواص و ویژگی های باکتریوسین و پروبیوتیک های مختلف و اثرات ضد میکروبی انها
-راه اندازی تحقیق و تشخیص باکتریهای بی هوازی مهم از نظر پزشکی و بالینی
- روش های مولکولار اپیدمیولوژی و روش های مختلف تایپینگ فنوتایپی و ژنوتایپی باکتریهای گرم مثبت و گرم منفی
- طراحی پپتیدهای ضد میکروبی و ضد سرطانی بر اساس الگوهای طبیعی با استفاده از نرم افزارهای مختلف بیوانفومارتیک و بررسی آزمایشگاهی و مدل حیوانی، خصوصیات ضد میکروبی و ضد سرطانی آنها
- مطالعه سینرژیسم ضد میکروبی پپتیدهای ضد میکروبی در ترکیب با انتی بیوتیک ها و مواد بیولوژیک مختلف بر روی پاتوژنهای بیماریزا و مقاوم به دارو
- شناسایی و استخراج مواد ضد میکروبی و ضد سرطانی از منابع محیطی و بیولوژیکی
- بررسی ارتباط عوامل بیماریزای باکتریهای پاتوژن با خصوصیات و ویژگیهای ژنتیکی بیماران در مقایسه با افراد کنترل (نظیر بیماری سل و ....)
- تشخیص آزمایشگاهی (سرولوژیکی و مولکولی) عوامل شایع ویروسی نظیر CMV، HCV، HBV و BK در بیماران و افراد دچار نقص های مختلف اکتسابی و مادرزادی سیستم ایمنی، بیماران پیوندی (کلیه، کبد و ....)، بیماران دیالیزی و .....